哺乳類
| 植物（維管束） | 苔類 | 鳥類 | 爬虫類 | 哺乳類 | 両生類 | 魚類 | 戻る |
| 名前 | 読み方 | 学名 | 備考 |
| 赤鼠 | アカネズミ | Apodemus speciosus | |
| 東土竜 | アズマモグラ | Mogera imaizumii | |
| 安曇尖鼠 | アズミトガリネズミ | Sorex hosonoi | |
| 奄美棘鼠 | アマミトゲネズミ | Tokudaia osimensis | |
| 奄美野黒兎 | アマミノクロウサギ | Pentalagus furnessi | |
| 越後土竜 | エチゴモグラ | Mogera etigo | |
| 小笠原油蝙蝠 | オガサワラアブラコウモリ | Pipistrellus sturdeei | |
| 小笠原大蝙蝠 | オガサワラオオコウモリ | Pteropus pselaphon | |
| 沖縄大蝙蝠 | オキナワオオコウモリ | Pteropus loochoensis | |
| 沖縄小菊頭蝙蝠 | オキナワコキクガシラコウモリ | Rhinolophus pumilus | |
| 沖縄棘鼠 | オキナワトゲネズミ | Tokudaia muenninki | |
| 折居地鼠 | オリイジネズミ | Crocidura orii | |
| 神楽蝙蝠 | カグラコウモリ | Hipposideros turpis | |
| 川鼠 | カワネズミ | Chimarrogale platycephala | |
| 口羽天狗蝙蝠 | クチバテングコウモリ | Murina tenebrosa | |
| 首輪蝙蝠 | クビワコウモリ | Eptesicus japonensis | |
| 黒頬髭蝙蝠 | クロホオヒゲコウモリ | Myotis pruinosus | |
| 毛長鼠 | ケナガネズミ | Diplothrix legata | |
| 神戸土竜 | コウベモグラ | Mogera wogura | |
| 小菊頭蝙蝠 | コキクガシラコウモリ | Rhinolophus cornutus | |
| 小山蝙蝠 | コヤマコウモリ | Nyctalus furvus | |
| 佐渡土竜 | サドモグラ | Mogera tokudae | |
| 神道尖鼠 | シントウトガリネズミ | Sorex shinto | |
| スミス鼠 | スミスネズミ | Eothenomys smithii | |
| 尖閣土竜 | センカクモグラ | Mogera uchidai | |
| 徳之島棘鼠 | トクノシマトゲネズミ | Tokudaia tokunosimensis | |
| 日本穴熊 | ニホンアナグマ | Meles anakuma | |
| 日本鼬 | ニホンイタチ | Mustela itatsi | |
| 日本兎蝙蝠 | ニホンウサギコウモリ | Plecotus sacrimontis | 兎蝙蝠 |
| 日本氈鹿、日本羚羊 | ニホンカモシカ | Capricornis crispus | |
| 日本猿 | ニホンザル | Macaca fuscata | |
| 日本地鼠 | ニホンジネズミ | Crocidura dsinezumi | 地鼠 |
| 日本貂 | ニホンテン | Martes melampus | |
| 日本野兎 | ニホンノウサギ | Lepus brachyurus | 本土貂 |
| 日本鼯鼠、日本摸摸具和 | ニホンモモンガ | Pteromys mononga | |
| 日本栗鼠 | ニホンリス | Sciurus lis | 本土栗鼠 |
| 畑鼠 | ハタネズミ | Microtus montebelli | |
| 日不見、日見ず | ヒミズ | Urotrichus talpoides | |
| 姫鼠 | ヒメネズミ | Apodemus argenteus | |
| 姫日不見 | ヒメヒミズ | Dymecodon pilirostris | |
| 角髪土竜 | ミズラモグラ | Euroscaptor mizura | |
| 鼯鼠、鼺鼠 | ムササビ | Petaurista leucogenys | |
| 森油蝙蝠 | モリアブラコウモリ | Pipistrellus endoi | |
| 八重山小菊頭蝙蝠 | ヤエヤマコキクガシラコウモリ | Rhinolophys perditus | |
| 谷地鼠 | ヤチネズミ | Eothenomys andersoni | |
| 山鼠 | ヤマネ | Glirulus japonicus | |
| 山原頬髭蝙蝠 | ヤンバルホオヒゲコウモリ | Myotis yanbarensis | |
| 琉球天狗蝙蝠 | リュウキュウテングコウモリ | Murina ryukyuana | |
| 琉球指長蝙蝠 | リュウキュウユビナガコウモリ | Miniopterus fuscus | |
| 渡瀬地鼠 | ワタセジネズミ | Crocidura watasei |
| 名前 | 読み方 | 学名 | 備考 |
| 赤毛猿 | アカゲザル | Macaca mulatta | |
| アカボウクジラ | アカボウクジラ | Ziphius carvirostris | 鯨 |
| アゴヒゲアザラシ | アゴヒゲアザラシ | Erignathus barbatus | |
| アムールハリネズミ | アムールハリネズミ | Erinaceus amurensis | ペット由来 |
| 洗い熊 | アライグマ | Procyon loto | ペット由来 |
| イイズナ | イイズナ | Mustela nivalis | |
| 家兎 | イエウサギ | Oryctolagus cuniculus | カイウサギ |
| イシイルカ | イシイルカ | Phocoenoides dalli | 鯨 |
| イチョウハクジラ | イチョウハクジラ | Mesoplodon ginkgodens | 鯨 |
| イッカク | イッカク | Monodon monoceros | 鯨 |
| 鰯鯨 | イワシクジラ | Balaenoptera borealis | 鯨 |
| 牛 | ウシ | Bos taurus | |
| 馬 | ウマ | Equus caballus | |
| 蝦夷狼 | エゾオオカミ | Canis lupus hattai | 絶滅 |
| 蝦夷鹿 | エゾシカ | Cervus nippon yesoensis | |
| 蝦夷狸 | エゾタヌキ | Nyctereutes procyonoides albus | |
| エゾヒグマ | エゾヒグマ | Ursus arctos yesoensis | |
| オウギハクジラ | オウギハクジラ | Mesoplodon stejnegeri | 鯨 |
| オガワコマッコウ | オガワコマッコウ | Kogia sima | 鯨 |
| オキゴンドウ | オキゴンドウ | Pseudorca crassidens | 鯨 |
| オコジョ | オコジョ | Mustela erminea | |
| 膃肭臍 | オットセイ | Callorhinus ursinus | |
| カズハゴンドウ | カズハゴンドウ | Peponocephala electra | 鯨 |
| カツオクジラ | カツオクジラ | Balaenoptera edeni | 鯨 |
| カマイルカ | カマイルカ | Lagenorhynchus obliquidens | 鯨 |
| カヤネズミ | カヤネズミ | Micromys minutus | 史前帰化動物 |
| 北狐 | キタキツネ | Vulpes vulpes schrencki | |
| キタゾウアザラシ | キタゾウアザラシ | Mirounga abgstirostris | |
| 北啼兎 | キタナキウサギ | Ochotona hyperborea | |
| 狐 | キツネ | Vulpes vulpes | アカキツネ、アカギツネ |
| キョン | キョン | Muntiacus reevesi | |
| 熊鼠 | クマネズミ | Rattus rattus | 史前帰化動物 |
| クラカケアザラシ | クラカケアザラシ | Histriophoca fasciata | |
| コイワシクジラ | コイワシクジラ | Balaenoptera acutorostrata | 鯨 |
| コククジラ | コククジラ | Eschrichtius robustus | 鯨 |
| コビレゴンドウ | コビレゴンドウ | Globicephala macrorhynchus | 鯨 |
| コブハクジラ | コブハクジラ | Mesoplodon densirostris | 鯨 |
| コマッコウ | コマッコウ | Kogia breviceps | 鯨 |
| 胡麻斑海豹 | ゴマフアザラシ | Phoca largha | |
| 座頭鯨 | ザトウクジラ | Megaptera novaeangliae | 鯨 |
| サラワクイルカ | サラワクイルカ | Lagenodelphis hosei | 鯨 |
| 麝香鼠 | ジャコウネズミ | Suncus murinus | 15世紀に移入 |
| シャチ | シャチ | Orcinus orca | 鯨 |
| ジュゴン | ジュゴン | Dugong dugon | |
| シロイルカ | シロイルカ | Delphinapterus leucas | 鯨 |
| 白長須鯨 | シロナガスクジラ | Balaenoptera musculus | 鯨 |
| シワハイルカ | シワハイルカ | Steno bredanensis | 鯨 |
| スナメリ | スナメリ | Neophocaena phocaenoides | 鯨 |
| スナメリクジラ | スナメリクジラ | Neophocaena phocaenoides | 鯨 |
| 海象 | セイウチ | Odobenus rosmarus | |
| 銭形海豹 | ゼニガタアザラシ | Phoca vitulina | |
| セミイルカ | セミイルカ | Lissodelphis borealis | 鯨 |
| セミクジラ | セミクジラ | Balaena japonica | 鯨 |
| タイヘイヨウアカボウモドキ | タイヘイヨウアカボウモドキ | Indopacetus pacificus | 鯨 |
| 台湾猿 | タイワンザル | Macaca cyclopis | |
| 台湾栗鼠 | タイワンリス | Callosciurus erythraeus thaiwanensis | 観光用逃げだし |
| 狸 | タヌキ | Nyctereutes procyonoides | |
| ツチクジラ | ツチクジラ | Berardius bairdii | 鯨 |
| ツノシマクジラ | ツノシマクジラ | Balaenoptera omurai | 鯨 |
| トド | トド | Eumetopias jubatus | |
| 溝鼠 | ドブネズミ | Rattus norvegicus | 史前帰化動物 |
| 長須鯨 | ナガスクジラ | Balaenoptera physalus | 鯨 |
| ナミミンククジラ | ナミミンククジラ | Balaenoptera acutorostrata | 鯨 |
| ニタリクジラ | ニタリクジラ | Balaenoptera brydei | 鯨 |
| 二本海驢 | ニホンアシカ | Zalophus californianus japonicus | |
| 日本猪 | ニホンイノシシ | Sus scrofa leucomystax | |
| 日本狼 | ニホンオオカミ | Canis lupus hodophilax | 絶滅 |
| 日本鹿 | ニホンジカ | Cervus nippon | |
| 日本月輪熊 | ニホンツキノワグマ | Ursus thibetanus japonicus | |
| 日本月輪熊 | ニホンツキノワグマ | Selenarctos thibetanus japonicus | |
| ヌートリア | ヌートリア | Myocastor coypus | 毛皮用逃げだし |
| ネズミイルカ | ネズミイルカ | Phocoena phocoena | 鯨 |
| ハクビシン | ハクビシン | Paguma larvata | |
| ハシナガイルカ | ハシナガイルカ | Stenella longirostris | 鯨 |
| ハセイルカ | ハセイルカ | Delphinus capensis | 鯨 |
| 二十日鼠 | ハツカネズミ | Mus musculus | 史前帰化動物 |
| ハッブスオウギハクジラ | ハッブスオウギハクジラ | Mesoplodon carlhubbsi | 鯨 |
| ハナゴンドウ | ハナゴンドウ | Grampus griseus | 鯨 |
| バンドウイルカ | バンドウイルカ | Tursiops truncatus | 鯨 |
| ハンドウイルカ | ハンドウイルカ | Tursiops truncatus | 鯨 |
| ヒグマ | ヒグマ | Ursus arctos | |
| ヒレナガゴンドウ | ヒレナガゴンドウ | Globicephala melas | 鯨 |
| フイリマングース | フイリマングース | Herpestes auropunctatus | |
| フェレット | フェレット | Mustela furo | |
| ベルーガ | ベルーガ | Delphinapterus leucas | 鯨 |
| 北極鯨 | ホッキョククジラ | Balaena mysticetus | 鯨 |
| 本土狐 | ホンドキツネ | Vulpes vulpes japonica | |
| 本土狸 | ホンドタヌキ | Nyctereutes procyonoides viverrinus | |
| マイルカ | マイルカ | Delphinus delphis | 鯨 |
| マスクラット | マスクラット | Ondatra zibethicus | 毛皮用逃げだし |
| マダライルカ | マダライルカ | Stenella attenuata | 鯨 |
| 抹香鯨 | マッコウクジラ | Physeter marcrocephalus | 鯨 |
| ミナミバンドウイルカ | ミナミバンドウイルカ | Tursiops aduncus | 鯨 |
| ミナミハンドウイルカ | ミナミハンドウイルカ | Tursiops aduncus | 鯨 |
| ミンク | ミンク | Mustela vison | |
| ミンククジラ | ミンククジラ | Balaenoptera acutorostrata | 鯨 |
| 山羊 | ヤギ | Capra hircus | |
| 雪兎 | ユキウサギ | Lepus timidus | |
| ユメゴンドウ | ユメゴンドウ | Feresa attenuata | 鯨 |
| ラッコ | ラッコ | Enhydra lutris | |
| ワモンアザラシ | ワモンアザラシ | Phoca hispida |
